MB-339X
I prototipi. Il primo, immatricolato I-NOVE, volò da Venegono il 12 agosto 1976; il secondo, I-NINE, nel 1977. Le fonti non concordano sul loro numero, due o tre.
MB-339A (T-339A)
La versione di serie originale, con il Viper 632-43. L'Aeronautica Militare ne ha ricevuti 107, compresi i PAN e gli RM; è stata costruita anche per il Ghana, gli Emirati Arabi Uniti, l'Argentina (MB-339AA), la Malesia (MB-339AM), la Nigeria (MB-339AN) e il Perù (MB-339AP). In Italia ha lasciato le scuole di volo il 12 giugno 2025, sostituita dal T-345A.
MB-339PAN (AT-339A)
La versione delle Frecce Tricolori, con i generatori di fumo e senza i serbatoi alle estremità alari. Ventuno esemplari, tra nuovi e convertiti dalla versione A. In servizio con la pattuglia dal 1982, sarà sostituita dall'M-346 nel 2028.
MB-339RM
Tre aerei per la radiomisura, cioè la calibrazione delle radioassistenze e dei radar, costruiti nel 1981 e poi riportati allo standard A.
MB-339K Veltro II
Monoposto d'attacco con due cannoni DEFA da 30 mm interni e sei piloni. Volò il 30 maggio 1980, ma rimase un prototipo unico: nessuno lo ordinò.
MB-339B
Addestratore con maggiori capacità d'attacco leggero e il più potente Viper 680-43. Ne fu costruito uno solo.
MB-339C
Addestratore a doppio impiego con avionica digitale e Viper 680. E' la base delle versioni d'esportazione CB, CE e CM.
MB-339CB
Per la Nuova Zelanda, che ne ha ricevuti 18 dal 1991: telemetro laser, ricevitore d'allarme radar, missili AIM-9L Sidewinder e AGM-65 Maverick. Nove sono passati poi a Draken International e da questa alla francese SDTS.
MB-339CD (FT-339C)
La versione italiana completamente digitale: tre schermi multifunzione e HUD in entrambi gli abitacoli, sonda fissa per il rifornimento in volo, motore Viper 632-43. Ne sono stati costruiti 30, per la fase avanzata dell'addestramento dei piloti da caccia. Nel 2026 è ancora in servizio, in attesa di essere sostituita anch'essa dal T-345A.
MB-339CE, MB-339CM, MB-339FD
Il CE per l'Eritrea (6 esemplari, Viper 680-43), il CM per la Malesia (8, consegnati nel 2006), l'FD (“Full Digital”) versione d'esportazione del CD.
MB-339NAT
MB-339A degli Emirati Arabi Uniti modificati per la pattuglia acrobatica Al Fursan, simili al PAN italiano. Sostituiti dagli Hongdu L-15 nel novembre 2025.
T-Bird II
Versione proposta da Lockheed e Aermacchi alla gara americana JPATS, vinta dal turboelica Raytheon/Pilatus T-6 Texan II.